En el año 2012, la ciudad de Tombuctú, en Malí, ha sido tomada por extremistas religiosos. Kidane lleva una vida serena en las dunas junto a su esposa Satima, su hija Toya y Issam, un niño pastor de 12 años. Sin embargo, en la ciudad, los residentes sufren bajo el régimen del terror instaurado por los yihadistas: está prohibido escuchar música, reír, fumar e incluso jugar al fútbol. Las mujeres se han convertido en sombras que luchan por mantener su dignidad. Cada día, tribunales islamistas improvisados emiten sentencias que son tanto absurdas como trágicas. El caos que impera en Tombuctú no parece afectar a Kidane hasta que, de manera accidental, mata a Amadou, un pescador que ha terminado con la vida de su vaca preferida. Ahora, debe enfrentar las leyes impuestas por los ocupantes extranjeros.
