Después de que los integrantes de Misterios S.A. arruinaran un caso al capturar a un hombre inocente, se ven forzados a abandonar las investigaciones criminales. Sin embargo, poco después, su viejo amigo Vincent Van Ghoul solicita su ayuda, lo que hace que el equipo regrese a la acción. Todo comenzó en un verano cuando Scooby-Doo, Shaggy y Daphne lograron atrapar en secreto a 12 de los fantasmas más aterradores del mundo, aunque no pudieron atrapar al más maligno de todos... el fantasma número 13. Con este 13º fantasma suelto, la pandilla deberá indagar más allá de los secretos ocultos y resolver algunos asuntos pendientes.
