Es el año 2034 y han transcurrido dos años desde que Motoko Kusanagi abandonó la Sección 9. Ahora, Togusa, quien asume el rol de nuevo líder del equipo, ha decidido que es necesario aumentar el número de personal. Esta renovada Sección 9 se enfrentará a una serie de complejos incidentes, que están bajo la influencia de un ultra-hacker apodado El Marionetista. Durante la indagación que realiza Batou, se volverá a encontrar con Motoko, quien le dejará un aviso: "Manteneos alejados de la Solid State Society". Esta película especial concluye la trama de la serie “Stand Alone Complex” y es considerada en algunos lugares como la tercera temporada no oficial.
